Şanlıurfa’da kurulan ilk yükseköğretim birimi “Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu”dur.1976 yılında Dicle Üniversitesine bağlı olarak kurulmuştur. Daha sonra, 1978 yılında Dicle Üniversitesine bağlı Ziraat Fakültesi,1984 yılında Dicle Üniversitesine Mühendislik Fakültesi İnşaat Mühendisliği Bölümü ve 1988 yılında Gaziantep Üniversitesine bağlı İlahiyat Fakültesi kurulmuştur. Harran Üniversitesi Rektörlüğü 11.07.1992 tarihli ve 21281 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanun ile kurulmuştur ve bu birimler 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanunla Harran Üniversitesine bağlanmıştır. Ayrıca Fen-Edebiyat Fakültesi, Tıp Fakültesi, Sosyal Bilimler Enstitüsü, Fen Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü 11.07.1992 tarihli ve 21281 sayılı Resmi Gazetede yayımlanan 03.07.1992 tarih ve 3837 sayılı kanun ile Rektörlüğe bağlı olarak kurulmuştur.
Üniversite bugün 14 Fakülte, 4 Yüksekokul, 1 Devlet Konservatuarı, 13 Meslek Yüksekokulu, 3 Enstitü, 15 Araştırma ve Uygulama Merkezi ile faaliyetlerini sürdürmektedir.
Fakülteler
- Eğitim Fakültesi
- Fen Edebiyat Fakültesi
- Güzel Sanatlar Fakültesi
- Devlet Konservatuvarı
- İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
- İlahiyat Fakültesi
- Mühendislik Fakültesi
- Tıp Fakültesi
- Veteriner Fakültesi
- Ziraat Fakültesi
Yüksekokullar
- Sağlık Yüksekokulu
- Turizm ve Otel İşletmeciliği Yüksekokulu
- Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu
- Viranşehir Sağlık Yüksekokulu
- Yabancı Diller Yüksekokulu
Enstitüler
- Fen Bilimleri Enstitüsü
- Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Sosyal Bilimler Enstitüsü
Meslek yüksekokulları
- Akçakale Meslek Yüksekokulu
- Birecik Meslek Yüksekokulu
- Bozova Meslek Yüksekokulu
- Ceylanpınar Meslek Yüksekokulu
- Hilvan Meslek Yüksekokulu
- Şanlıurfa Meslek Yüksekokulu
- Şanlıurfa Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
- Şanlıurfa Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
- Siverek Meslek Yüksekokulu
- Suruç Meslek Yüksekokulu
- Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
- Viranşehir Meslek Yüksekokulu
