Başkent Üniversitesi, Prof. Dr. Mehmet Haberal’ın 1980 yılında Türkiye Organ Nakli Yanık ve Tedavi Vakfını, 1982’de Diyaliz Merkezini, 1985’te ilk hastaneyi ve 1986 yılında Haberal Eğitim Vakfını kurmasının ardından; yükseköğretim kurumlarına olan gereksinimi karşılamak ve çağdaş bir eğitim sistemi kurmak amacı ile 14 Eylül 1993 tarihli 515 sayılı Kanun Hükmündeki Kararnameye dayalı olarak 13 Ocak 1994 tarihli Resmi Gazetede yayınlanan 3961 sayılı Kanun ile kurulmuştur.
Fakülteler
- Diş Hekimliği Fakültesi
- Eczacılık Fakültesi
- Eğitim Fakültesi
- Fen Edebiyat Fakültesi
- Güzel Sanatlar Tasarım ve Mimarlık Fakültesi
- Hukuk Fakültesi
- İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
- İletişim Fakültesi
- Mühendislik Fakültesi
- Sağlık Bilimleri Fakültesi
- Ticari Bilimler Fakültesi
- Tıp Fakültesi
- Devlet Konservatuvarı
Enstitüler
- Avrupa Birliği ve Uluslararası İlişkiler Enstitüsü
- Eğitim Bilimleri Enstitüsü
- Fen Bilimleri Enstitüsü
- Sosyal Bilimler Enstitüsü
- Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Transplantasyon ve Gen Bilimi Enstitüsü
- Yanık, Yangın ve Doğal Afetler Enstitüsü
Meslek Yüksekokulları
- Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
- Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
- Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
- Adana Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
- Kazan Meslek Yüksekokulu
- Konya Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
Yüksekokullar
- Yabancı Diller Yüksekokulu
- Orkestra Akademik Başkent
