Tarımda yapılan uygulamalar iyi veya kötü olarak ekosistemi doğrudan etkilemektedir. Özellikle ilaç ve gübre kullanımı toprak yapısını ve bitki özelliklerini etkilemekte ve bazı türlerin direnç kazanmasına neden olmaktadır. Direnç kazanan türler beslendikleri türlere karşı daha etkili olmakta ve dirençsiz olanların da direnç kazanmasıyla besin zinciri zarar görmektedir.
Tarımda gerçekleştirilen bilinçsiz ilaçlama ekosistemdeki canlı çeşitliliğini olumsuz yönde etkilemektedir. Çünkü bazı türler direnç kazanarak besin zincirini bozmaktadır. Bitkilerin genetik özellikleri değişerek sağlığa zararlı hale gelmektedir. Bazı bitkilerin nesilleri tükenmektedir. Bazı bitkilerin de nesli zarar görmekte ve kısırlaşmaktadır. Bitkilerin bu şekilde ilaçlanmasının önlenmesi gerekmektedir.