Bazı canlıları sınıflandırmak oldukça zordur. Çünkü bazı canlılarda diğer canlılarda olan bazı özelliklerin bir kısmı toplanmış vaziyettedir. Buna en güzel örnek olarak öglena gösterilebilir. Bir bitki gibi kloroplast taşımasına rağmen hetetrof olarak beslenmektedir. Kamçısını kullanmasıyla hareket ve yapı bakımından hayvanlara benzemektedir.
Protistler içinde yer alan canlılardan bazılarını sınıflandırmak bu nedenle çok zordur. Canlıların sınıflandırılmasında canlıların taşıdığı bu özellikler sınıflandırma dışında kaldığı için yeni sınıflandırma yaklaşımlar gerektirmektedir. Bu nedenle birçok sınıflandırma yaklaşımı meydana gelmiştir. Protistlerin bu bakımdan sınıflandırılmasında bazı zorluklar yaşanmaktadır. Yapay ve doğal sınıflandırma bu bakımdan birbirinden ayrılır.
Örneğin öglena kloroplast taşıdığı ve ototrof olduğu için bitkilere benzerken heterotrof beslenip fagositoz yapabildiği ve kamçısı ile aktif hareket edebildiği için hayvanlara benzediğinden sınıflandırılması zordur.