Ordu Üniversitesi, 17 Mart 2006 tarih ve 26111 sayılı Resmi Gazete'de yayımlanarak yürürlüğe giren 15 yeni üniversite kurulması hakkındaki 5467 Sayılı Kanun ile kurulmuştur.

Fakülteler

• Ziraat Fakültesi
• Ünye İktisadi İdari Bilimler Fakültesi
• Fen – Edebiyat Fakültesi
• Fatsa Deniz Bilimleri Fakültesi
• Tıp Fakültesi
• Güzel Sanatlar Fakültesi
• Diş Hekimliği Fakültesi
• Eğitim Fakültesi

Enstitüler

• Fen Bilimleri Enstitüsü
• Sosyal Bilimler Enstitüsü
• Sağlık Bilimleri Enstitüsü

Yüksek Okullar

• Sağlık Yüksekokulu

Meslek Yüksek Okulları

• Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
• Mesudiye Meslek Yüksekokulu
• Fatsa Meslek Yüksekokulu
• Ünye Meslek Yüksekokulu
• Ulubey Meslek Yüksekokulu
• Akkuş Meslek Yüksekokulu
• Devlet Konservatuvarı