Nefronlarda idrar oluşumu süzülme, geri emilme ve salgılama olmak üzere üç aşamada gerçekleşir.
1. Süzülme: Aorttan ayrılan böbrek atardamarındaki kan, yüksek basınçla glomerulus kılcallarına akar. Bu basınç, kılcal damar yumağından Bowman kapsülüne difüzyonla madde geçişini sağlar. Bowman kapsülünün iç yüzeyi tek katlı yassı epitelden oluştuğu için madde difüzyonuna uygundur. Kan hücreleri, plazma proteinleri ve yağ molekülleri hariç su, inorganik tuzlar, vitaminler, glikoz, amino asit gibi yararlı maddeler ile üre, ürik asit, amonyak gibi boşaltım maddeleri glomerulustan Bowman kapsülüne geçer.
2. Geri emilme: Glomerulustan Bowman kapsülüne geçen sıvının büyük bir kısmı boşaltım kanallarından geçerken geri emilerek kana verilir. Maddelerin geri emilimleri organizmanın gereksinimi doğrultusunda yapılır ve geri emilimin %90’ı proksimal tüpte olur. Geri emilim hem aktif hem pasif taşıma ile gerçekleşir.
3. Salgılama: Böbreklerde günde yaklaşık 170-190 Iitre sıvı süzülmekte ve %99’u geri emilmektedir. Süzülme ile Bowman kapsülüne geçemeyen bazı ilaçlar, boyalar, amonyak, hidrojen iyonları, potasyum iyonları gibi maddeler kılcal damarlardan aktif taşıma ile proksimal ve distal tüpe verilir. Bu olaya salgılama (sekresyon) denir. Böylece zararlı maddeler kandan uzaklaştırılır. Ortalama olarak günde 1-1,5 Iitre idrar oluşturulur.