Çarşı, 1660 yılında IV. Mehmed'in annesi tarafından, mimar Kâzım Ağa'ya yaptırıldı. Yapımı 17. yüzyıla dayanan Mısır Çarşısı, İstanbul’un doğulu yüzünü en egzotik biçimde yaşatan, en eski kapalı çarşılarından biri. Kurulduğu dönemlerde, Hindistan’dan Arabistan’a kadar Uzakdoğu ülkelerinden gelen binbir çeşit baharat ve her derde deva şifalı otlar özellikle bu çarşıda satılırdı. Malların büyük bir kısmı Mısır üzerinden geldiği için zamanla buraya Mısır Çarşısı denilmeye başlandı.
Eminönü’ndeki Yeni Camii ile Çiçek Pazarı'nın hemen yanında yer alan Mısır Çarşısı, ağırlıklı olarak baharat, bitki çayları ve lokum gibi geleneksel Türk lezzetlerini arayanların ilk adresidir.
1660 yılında IV. Mehmed'in annesi Hatice Turhan Sultan tarafından mimar Kâzım Ağa'ya yaptırılmış, zaman içinde restore edilerek günümüze kadar gelen ve altı farklı kapıdan giriş yapılan çarşıda toplam 86 dükkân yer alıyor.
Eskiden 'doğal eczane' görevi gören çarşıda, belli ot karışımlarından yapılan ilaç reçeteleri dükkânların önüne asılır ve isteyen müşterilere bu karışımlar sunulurmuş. Bu gelenek günümüzde de devam ediyor. Birçok dükkânda, çeşitli hastalıklara iyi geldiği bilinen farklı baharat ve ot karışımları satılıyor.
İstanbul esnafının çoğu öteden beri bir semtte toplanırlardı. Hasırcılar, kurukahveciler, kürkçüler, çadırcılar, bakırcılar, zahireciler, yağlıkçılar balmumcular, örücüler, gümüş ve altın eritip satanlar, tülbentçiler, kavaflar, sahaflar gibi... Mısır Çarşısı esnafı vaktiyle ilâç da satarlardı. Sıhhiye Dairesi son zamanlarda ilâç satışlarını sınırladı. Bu çarşıdaki dükkânlara ufak bir gemi modeli, bir devekuşu yumurtası, bir fener, bir püskül gibi işaretler koyarlardı. Yakın zamana kadar Büyük Çarşı esnafı, Beyazıt'taki dükkâncılar da bu gibi işaretleri koyarlardı. Bunların sebebi, meselâ bir adam Mısır Çarşısı’nda bir şey alır da, aldığı şey iyi çıkarsa nereden aldın diyenlere; “Mısır Çarşısı’nda fenerli veya yumurtalı dükkândan” diyebilmek içindi. Mısır Çarşısı, Yeni Cami'nin kurucusu Turhan Valide Sultan tarafından makas biçiminde Yeni Cami mimarı Kasım Ağa’ya yaptırılmıştır. Bu çarşı ve cami yeri Bizans zamanında Musevilerin semti idi. Museviler çarşı yaptırıldıktan sonra kaldırılıp Hasköy'e götürüldüler. Rivayete göre, Valide Sultanın bu çarşıyı yaptırması cami imam, müezzin ve hademelerinin Mısır Çarşısı’nda satılan attariye eşyası ile geçindirilmeleri içindi. Dükkânlar vakıftı. Çarşıda satılan eşyanın hepsi vaktiyle Mısır’dan getirildiği için Mısır Çarşısı ismi verilmişti.