Nizamiye Medreseleri İslam dünyasının dört bir tarafından gelen yüzlerce öğrenciyi yetiştirmiş, başarılı devlet adamları ve bilim insanları yetiştirilmesinde çok önemli görevleri yerine getirmiştir. Medreselerde aşağıdaki tabloda gösterilen ders programları uygulanmıştır.
- Din ve hukuk dersleri
- Kur’an okuma
- Tefsir
- Hadis
- Fıkıh
- Kelam
- Dil ve edebiyat dersleri
- Arap Edebiyatı
- Fars Edebiyatı
- Nahiv ve Sarf (Dil Bilgisi)
- Hitabet
- Cerh ve Tadil (Hadis Araştırması )
- Tarih
- Edep
- Felsefe dersleri
- Felsefe
- Mantık
- Müsbet bilim dersleri
- Tıp
- Cerrahi
- Hesap
- Hendese (Geometri)
- Müsellesat (Trigonometri)
- Nücum (Yıldız ilmi)
- Hey’et (Gök bilimi)
- Tabiiyat (Doğa)