Malpighi cisimciği, böbreğin korteks kısmında bulunan yapıdır. Böbrekteki korteks bölgesi, bir çeşit böbrek sitoplazması olup; medulla yapısının çevresinde bulunur.
Malpighi cisimciği, glomerulus ve Bowman kapsülü yapılarından meydana gelmiştir. Nefronlarda yer alan bu yapıda süzme işlemleri yapılır. Kandan nefronlara üre, Na, Ca, su, glikoz, aminoasit gibi yapılar malpighi cisimciğinden katılır.