Kontrol çaprazlaması, baskın fenotipte olan bir bireyin genotipte homozigot mu yoksa heterozigot mu olduğunu anlayabilmek amacıyla aynı karakter bakımından homozigot bir bireyle çaprazlanmasına denir.
Örneğin; bezelyelerde bulunun sarı renk geni (S), yeşil renk (s) genine baskındır. Bu durumda, eğer elimizde sarı renkli bezelyeler varsa, bu bezelyelerin genotipi SS (homozigot) ya da Ss (heterozigot) olabilir. Eğer bu bezelyeleri, homozigot çekinik genotipte olan (ss) bir başka bezelye bitkisiyle çaprazlarsak ve çaprazlama sonucu oluşan bireylerin yarısı (1/2’si) sarı, yarısı (1/2’si) da yeşil ise, kontrollü çaprazlama yaptığımız elimizdeki bezelye heterozigottur (Ss). Eğer çaprazlama sonucu oluşan bireylerin tümü sarı ise, elimizdeki bezelye homozigottur (SS).
Kontrol çaprazlaması genetik alanında yapılan bilimsel olarak bazı deneylerin yapılmasına el veren bir durumdur. Kontrol çaprazlaması genlerin ve gen allellerinin belirlenmesinde ve genlerin zigot durumunun ortaya çıkarılmasında kullanılan bir yöntemdir.
Baskın fenotipin genotipinin homozigot mu yoksa heterozigot mu olduğunu baskın ve çekinik allel genlerin durumuna göre belirlenmesi kontrol çaprazlamasıdır. Bezelyelerin sarı ve düzgün olması SS olarak gösterilir. Yeşil ve buruşuk olması da ss şeklinde gösterilir. Sarı düz Ss, sarı buruşuk Ss şeklinde gösterilir. Bu allellerin çaprazlanması sonucunda kontrol çaprazlaması meydana gelir. Böylece dominant ve çekinik karakterler belirlenir, deneyler yapılır.