Baskın fenotipli bireylerin genotipini belirlemek için yapılır. Bitki ve hayvan yetiştiriciliğinde üstün özelliklere sahip, kaliteli, bol, dayanıklı ürünler elde etmek, ekonomik yararlar sağlamak için yapılır.
Kontrol çaprazlaması genotipi kesin olarak bilinmeyen genlerde kullanılan bir yöntemdir ve hayvancılık, bitki yetiştiriciliği gibi farklı alanlarda çok işe yarar. Kontrol çaprazlamasıyla bireylerin baskın veya çekinik, homozigot ya da heterozigot gen yapısına sahip olma durumları ortaya çıkar ve bu durumda oluşacak yeni nesillerdeki gen aktarımı da tahmin edilir. Böylece çiçek ve bitki yetiştiriciliği ve hayvancılık gibi alanlarda, yeni nesil bireylerin gen yapıları da daha sağlıklı bir şekilde belirlenebilir. Hayvan ve bitki ıslahında kullanılan kontrol çaprazlamasıyla, zayıf gen yapısına sahip birey oluşumu engellenir ve daha sağlıklı yeni nesil canlılar elde edilir.