Kız Kulesi ile ilgili anlatılan ilk hikâye;
Ovidius’un kaybettiği bir sevdanın hikâyesidir. Hero ve Leandros adlı iki hüzünlü gencin sevdasını anlatan bu hikâye, Hero’nun kuleden ayrılmasıyla başlıyor. Hero, Afrodit’in rahibelerindendir. Bundan dolayı aşık olması yasaktır. Hero yıllar sonra Afrodit’in tapınağından yapılan bir törene gitmek için kuleden ayrılır. Katıldığı törende Leandros ile karşılaşır. Birbirlerine aşık olan bu iki genç, Leondros’un gece kuleye yüzerek gelmesiyle aşkları kutsallaşır.
Kız Kulesi her gece bu iki sevdaya tanıklık eder. Leondros’un yüzerek kuleye geldiği bir günde Hero’nun, Leandros’un yolunu bulması için yaktığı sevda ateşinin feneri rüzgardan dolayı söner. Karanlıkta yolunu kaybeden Leandros boğazın sularına kapılarak boğulur. Sevgilisinin öldüğünü gören Hero, kendini boğazın serin sularına bırakır.
İkinci bir rivayete göre ise Kız Kulesinin hikayesi;
Kavuşmayan aşklara atfen anlatılar hikâyelerinden bir başkası da; Kleopatra’nın sonuna benzer bir sonun anlatıldığı “Yılan”hikâyesi vardır. İşte bu hikâye çoğu kişi tarafından biliniyor. Kahinlerden biri krala, kızının 18 yaşına geldiği zaman bir yılan tarafından sokularak öleceği söylenir. Bunun üzerine kral denizin ortasındaki kuleyi onararak kızını buraya yerleştirir. Böylelikle yılanın hiçbir yol ile bu kuleye giremeyeceğini düşünür. Tabii kaderden kaçılmaz. Kuleye gönderilen üzüm sepetinin içine bir yılan gizlenmiştir. Hizmetkarlardan bir meyve tabağı yaparak genç kızın odasına gider, uyuyan genç kızın başının ucuna bırakılan meyve tabağına yılan sokulmuştur. Hizmetçinin odadan çıkmasıyla yılan çıkar ve zehrini prensesin üzerine boşaltır. Kral bu olanları öğrenince kahrolur. Kızına demirden bir tabut yaptırarak Ayasofya’nın giriş kapısının üzerine yerleştirir. Bugün tabutun üzerinde iki delik vardır. Yılanın, ölümden sonra da kızı rahat bırakmadığı rivayet edilir.