İskenderun Meslek Yüksekokulu 1976 yılında Milli Eğitim Bakanlığı bünyesinde bulunan Yaygın Yüksek Öğretim Kurumu'na (YAY-KUR) bağlı bir birim olarak öğretime başlamıştır. 1981 de çıkarılan 2547 sayılı Yükseköğretim Kanunu ile tüm yükseköğretim kurumları Yükseköğretim Kurulu (YÖK) çatısı altında toplanmış, Meslek Yüksekokulları da üniversitelere bağlanmıştır.
İskenderun Meslek Yüksekokulu, 11.07.1992 tarihli 3837 sayılı kanunla Çukurova Üniversitesinden ayrılarak 01.01.1993 tarihinde Mustafa Kemal Üniversitesi nin bir birimi olmuştur.
Yüksekokul 13 Bölüm, 16 Örgün, 3 İkinci Örgün programıyla eğitim öğretim faaliyetine devam etmektedir. İskenderun Meslek Yüksekokulu içinde bulunduğu Tepe Kampusu, Hatay'ın İskenderun ilçesi ile Belen ilçesi arasında, Merkez ilçe Antakya yolu 5. km üzerindedir.
İskenderun Teknik Üniversitesi, kısa adıyla İSTE, Türkiye Büyük Millet Meclisi’nin 31.3.2015 tarihinde çıkardığı 6640 sayılı bir yasayla Hatay’ın İskenderun ilçesinde kurulmuş teknik üniversitedir. İskenderun Teknik Üniversitesini oluşturan fakültelerin çoğu Mustafa Kemal Üniversitesi’nden ayrılarak yeni üniversiteye bağlanmıştır.
Fakülteler
- Barbaros Hayrettin Gemi İnşaatı ve Denizcilik Fakültesi
- Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi
- İşletme ve Yönetim Bilimleri Fakültesi
- Mimarlık Fakültesi
- Mühendislik ve Doğa Bilimleri Fakültesi
- Teknoloji Fakültesi
Meslek Yüksekokulları
- Denizcilik Meslek Yüksekokulu
- Dörtyol Meslek Yüksekokulu
- Erzin Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
- İskenderun Meslek Yüksekokulu
Yüksekokullar
- Yabancı Diller Yüksekokulu
- Sivil Havacılık Yüksekokulu
- Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu
Konservatuar
- Mustafa Yazıcı Devlet Konservatuvarı
Enstitüler
- Mühendislik ve Fen Bilimleri Enstitüsü
- Sosyal Bilimler Enstitüsü
- Bilişim Enstitüsü
- Çevre ve Deniz Bilimleri Enstitüsü