Her ikisinde de klorofil pigmenti vardır. Fakat bu pigment bakterinin sitoplazmasında yer alırken öglenanın kloroplastında bulunur. Her ikisinde de fotosentez enzimleri bulunur.
Bakteriler prokaryot yapıda oldukları için kloroplastları yoktur. Fotosentez yapan türlerde klorofil sitoplazmada bulunur.
Mor bakteriler ve yeşil sülfür bakterileri anaerob solunum yapan fotosentetik bakterilerdir. Oksijen bu bakterilerde zehir etkisi yapar. Bundan dolayı fotosentezde H2O kullanmazlar. Hidrojen kaynağı olarak H2S veya H kullanırlar.