Enzimler, binlerce yıldır insanlar tarafından çeşitli şekillerde kullanılmıştır. Endüstrinin hemen her alanında kullanılan enzimler genellikle mikroorganizmalardan elde edilir. Mikroorganizmalar, kolay çoğalabilmeleri, enzimlerin sentezinin kolayca kontrol edilebilmeleri nedeniyle tercih edilir.
Günümüzde enzimlerin kullanıldığı alanlar oldukça çeşitlenmiştir. Üretilen saf enzimlerin toplam miktarı yıllık 500 tona ulaşmıştır. Gıda endüstrisi enzimlerin en fazla kullanıldığı alandır. Enzimler, peynir ve ekmek yapımında; et ürünlerinin işlenmesinde; laktozsuz sütün, hipoalerjik bebek mamalarının, glikoz ve fruktoz şekeri içeren tatlandırıcıların ve alkollü içeceklerin üretiminde; meyve sularının berraklaştırılmasında kullanılır.
Biyoteknolojik araştırmalarda; teşhis ve tedavi amacıyla tıpta; eczacılıkta ilaç üretiminde; enfeksiyonları engellemek için kontak lens ve yara temizleme solüsyonlarında enzimler kullanılır. Hazım kolaylaştırıcı bazı ilaçların yapısında protein, lipit ve karbonhidratları parçalayan enzimler kullanılmaktadır. Ayrıca deterjan endüstrisinde özellikle sindirim enzimleri önemli yer tutar. Protein, yağ ve nişastalı artıkları parçalamak için bulaşık ve çamaşır deterjanlarına enzim eklenir. Bulaşık deterjanlarında kullanılan enzimlerin büyük ölçekte üretilebilmesi amacıyla bakteri ve mantar türleri kullanılır.
Deriden tüy veya kılların uzaklaştırılması ve derinin yumuşatılması amacıyla deri sanayinde ve dokuma ipliklerinin işlenmesini kolaylaştırmak için tekstilde enzimler kullanılmaktadır. Ayrıca kâğıt ve boya sanayinde, biyoyakıt endüstrisinde, organik ve inorganik atıkların yok edilmesinde enzimlerden yararlanılır. Günümüzde uygulanan enzim tedavisi sayesinde kanser hücreleri bağışıklık sisteminin tepkimelerine karşı savunmasız bırakılmakta ve bu şekilde kanserli hücrelerin yok edilmesi sağlanmaktadır.