Bazı bakteriler bazı canlıların vücutlarında yaşamaktadır. Organizmalar üzerinde yaşayan bakteriler organizmalar için de yararlı olmaktadır. Bazı organizmalar yararlı bakteriler üretmektedir. Bazı organizmalar da dışarıdan maruz kaldıkları bakteriler nedeniyle hastalıklara uğramaktadır.
Organizmalarda yaşayan ve yakından bilinen ne önemli bakteriler bir istisna olarak hayatına devam ederek kalın bağırsakta yer alan ve K vitamini üreten bakterilerdir. Ağızda yaşayan bakterilerdir. Bunlarla beraber organizmaların çürümesini hızlandıran bakteriler de bulunmaktadır. Doğada bakterilerin birçok yararlı özellikleri bulunmaktadır. İnsan vücudunda bulunan bakteriler K vitaminin üretilmesinde etkili olarak düzenleyici faaliyetlerin gerçekleşmesinde etkilidir. Bakterilerin zararlıları da bulunmaktadır.