Cem Sultan olayı bir iç sorun olarak başlamış dış sorun olarak devam etmiştir. Bu olay nedeniyle içeride Devşirmeler, Türkmenler ile iktidar mücadelesine girişmişler bu mücadeleyi devşirmeler kazanmıştır. Türkmenler yönetimdeki etkinliklerini kaybetmeye başlamıştır.
- Cem Sultan olayı Osmanlının bir iç sorunu olmasına rağmen, Cem Avrupa’ya sığınmasıyla bir dış sorun haline geldi,
- Devşirme kökenli devlet adamlarıyla Türk kökenliler arasında yönetimde daha fazla güç sahibi olma mücadelesi iyice yoğunlaştı,
- Osmanlı-Memluk ilişkileri daha da bozuldu,
- Balkanlarda fetih hareketleri yavaşladı,
- İtalya’nın fethinden vazgeçildi
- Avrupalılara ödenen bakım masraflarından dolayı devletin ekonomik yükü arttı,
- Karamanoğulları yine sorun oldu,
- İspanya’daki Müslümanlara yeterince yardım yapılamadı.