Cem Sultan olayı, Osmanlı İmparatorluğu’nun uzun süre Avrupa’ya karşı hareketsiz kalmasına sebep olmuş ve şehzadenin hayatta olduğu yıllarda II. Bayezid sürekli şüphe içerisinde yaşamıştı. II. Bayezid, Cem’in Avrupa’daki durumunu yakından takip etmek ve onun Osmanlı'ya karşı bir faaliyete karışmasını önlemek için büyük çaba gösterdi. Birçok Avrupa ülkesine çeşitli tavizler verdi, paralar ve hediyeler gönderdi.
Rodos şövalyeleri, Osmanlı İmparatorluğu’ndan her yıl 45 bin altın aldılar. Cem, Papalığa götürüldüğünde bu para oraya tahsis edildi. Ayrıca II. Bayezid, Hristiyanlar için kutsal sayılan çeşitli eşyaları (Rodos şövalyelerine: Saint Jean Baptiste’nin (Yahya) elini, Papa’ya: Hazreti İsa’nın böğrünü deldiğine inanılan mızrak ile sirkeye batırılarak Hazreti İsa’nın susuzluğunu gideren sünger) da gönderdi.
Venedikliler’e ise çeşitli vergi muafiyetleri sağlandı. Fransa Kralı, Alman İmparatoru, Macar Kralı, Papalık ve Memlük Sultanı Cem’i ele geçirip, kendi siyasi amaçları için kullanmaya çalıştılar. Avrupa’da Cem’i kullanarak bir Haçlı seferi düzenleme fikri devamlı gündemdeydi. Cem ve Mısır’da bulunan ailesi yüzünden gerilen Osmanlı-Memlük ilişkileri, sonunda savaşa kadar gitti. Cem Sultan olayından en çok faydalananlar Rodos şövalyeleri oldu.
II. Bayezid’den, Cem’in masrafları adı altında her yıl 45 bin altın aldıkları gibi, kendileri için Osmanlı topraklarında ve kıyılarında ticaret serbestisini de elde ettiler. Şövalyeler, Cem’in Mısır’da bulunan annesi Çiçek Hatun’dan para kopardıkları gibi, Memlük Sultanı Kayıtbay’dan da şehzadeyi ona teslim edeceklerini söyleyerek, 20 bin altın almışlardı. Şövalyeler Cem’i ellerinde tuttukları sürece Avrupa’nın çeşitli devletleriyle Papalık nezdinde itibar gördüler.
Cem Sultan’ın ölümü ile Osmanlı İmparatorluğu üzerindeki izleri silinmedi. Hayatta kalan Murad adlı oğlu Rodos’ta bulunuyordu. Bu şehzâde herhangi bir hadiseye
karışmamış ve Hristiyan olmuştu. Ancak Osmanlı padişahları onu yakından takip ettiler. Kanuni, 1522’de Rodos’u aldığında şövalyelerle yaptığı antlaşmaya Cem’in oğlunu teslim şartını da koydurmuştu. Adayı teslim alınca ilk iş olarak Murad’ı ve onun Cem adını taşıyan oğlunu buldurup, öldürttü. Osmanlı kaynakları bu iki şehzâdenin ölümüyle Cem’in soyunun bittiğini belirtirken, Avrupa kaynakları ise Cem’in bir oğlunun daha bulunduğunu ve soyunun devam ettiğini yazmaktadırlar.