3 Temmuz 1992 tarihinde, 3837 sayılı kanunla kurulan Çanakkale Onsekiz Mart Üniversitesinin tarihçesi şöyledir:

• 1992’de Çanakkale Eğitim Fakültesi, Trakya Üniversitesi'nden devredildi.
• 1992’de Biga İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi kuruldu.
• 1992’de Fen Edebiyat Fakültesi kuruldu.
• 1992’de İlahiyat Fakültesi kuruldu.
• 1992’de Mühendislik Fakültesi kuruldu.
• 1992’de Ziraat Fakültesi kuruldu.
• 1992’de Biga Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1992’de Çanakkale Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1992’de kurulan Su Ürünleri Fakültesi, 2012’de Deniz Bilimleri ve Teknolojisi adını aldı.
• 1992’de kurulan Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu, 2013’te Turizm Fakültesi adını aldı.
• 1992’de kurulan Çanakkale Meslek Yüksekokulu, 2011’de ikiye ayrılarak Çanakkale Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu ve Çanakkale Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu isimlerini aldı.
• 1994’te Ayvacık Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1994’te Bayramiç Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1994’te Çan Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1994’te Ezine Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1994’te kurulan Gelibolu Meslek Yüksekokulu 2000’de Gelibolu Piri Reis Meslek Yüksekokulu adını aldı.
• 1994’te Yenice Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1994’te kurulan Fen Bilimleri Enstitüsü ile Sosyal Bilimler Enstitüsü, 2020’de Lisansüstü Eğitim Enstitüsü adı altında birleşti.
• 1996’da kurulan Sağlık Yüksekokulu, 2019’da Sağlık Bilimleri Fakültesi adını aldı.
• 1997’de Güzel Sanatlar Fakültesi kuruldu.
• 1997’de Gökçeada Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 1998’de kurulan Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu, 2018’de Spor Bilimleri Fakültesi adını aldı.
• 2000’de Tıp Fakültesi kuruldu.
• 2000’de Lapseki Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 2008’de Yabancı Diller Yüksekokulu kuruldu.
• 2008’de Gökçeada Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu kuruldu.
• 2009’da Devlet Konservatuarı kuruldu.
• 2010’da kurulan Eğitim Bilimleri Enstitüsü ve Sağlık Bilimleri Enstitüsü, 2020’de Lisansüstü Eğitim Enstitüsü adı altında birleşti.
• 2011’de İletişim Fakültesi kuruldu.
• 2011’de kurulan Biga Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, 2017’de Biga Uygulamalı Bilimler Fakültesi adını aldı.
• 2012’de Mimarlık ve Tasarım Fakültesi kuruldu.
• 2012’de Çan Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu kuruldu.
• 2012’de kurulan İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi, 2016’da Siyasal Bilgiler Fakültesi adını aldı.
• 2013’te kurulan Çanakkale Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu, 2020’de Çanakkale Uygulamalı Bilimler Fakültesi adını aldı.
• 2013’te Deniz Teknolojileri Meslek Yüksekokulu kuruldu.
• 2015’te Diş Hekimliği Fakültesi kuruldu.
• 2020 itibariyle ÇOMÜ, Lisansüstü Eğitim Enstitüsü, 18 Fakülte, 4 Yüksekokul, 13 Meslek Yüksekokulu, 43 Araştırma ve Uygulama Merkezi, 112117 mezun, 48786 öğrenci, 1922 akademik personel, 749 idari personel ile eğitim-öğretim ve araştırma faaliyetlerine devam etmektedir.

Fakülteler

• ÇOMÜ Fen-Edebiyat Fakültesi
• ÇOMÜ Tıp Fakültesi
• ÇOMÜ Siyasal Bilgiler Fakültesi
• ÇOMÜ Mühendislik Fakültesi
• ÇOMÜ Eğitim Fakültesi
• Biga İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
• ÇOMÜ Ziraat Fakültesi
• ÇOMÜ İlahiyat Fakültesi
• Güzel Sanatlar ve Tasarım Fakültesi
• ÇOMÜ Deniz Bilimleri ve Teknolojisi Fakültesi (eski adıyla: Su Ürünleri Fakültesi)
• ÇOMÜ İletişim Fakültesi
• Mimarlık ve Tasarım Fakültesi
• Turizm Fakültesi

Enstitüler

• Fen Bilimleri Enstitüsü
• Sosyal Bilimler Enstitüsü
• Eğitim Bilimleri Enstitüsü
• Sağlık Bilimleri Enstitüsü

Yüksek Okullar

• Sağlık Yüksekokulu
• Turizm İşletmeciliği ve Otelcilik Yüksekokulu
• Gökçeada Uygulamalı bilimler Yüksekokulu
• Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu (Biga)
• Çan Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu
• Çanakkale Uygulamalı Bilimler Yüksekokulu (Merkez)
• Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu

Devlet Konservatuvarı
Yabancı Diller Yüksekokulu
Meslek Yüksekokulları

• Ayvacık Meslek Yüksekokulu
• Bayramiç Meslek Yüksekokulu
• Biga Meslek Yüksekokulu (BMYO)
• Çanakkale Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
• Çanakkale Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
• Çanakkale Deniz Teknolojileri Meslek Yüksekokulu
• Çan Meslek Yüksekokulu (Çan MYO)
• Ezine Meslek Yüksekokulu
• Gelibolu Piri Reis Meslek Yüksekokulu
• Gökçeada Meslek Yüksekokulu
• Lapseki Meslek Yüksekokulu
• Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
• Yenice Meslek Yüksekokulu