İlaçlama bilinçsiz bir şekilde yapılırsa doğaya zarar verir. Bilinçsiz ilaçlama canlı ve cansız varlıklara da zarar vermektedir. Ekosistem de canlı ve cansız varlıkların uyum içinde yaşadığı sistemler olarak bilinçsiz ilaçlama nedeniyle doğrudan zarar görmektedir.
Bitki ve hayvan nesillerinin zarar görmesi, kısırlaşması, nesillerin tükenmesi, bazı türlerin direnç kazanarak besin zincirini bozması ekosisteme gelen zararlardır. Ekosistemin özelliklerinin bozulması canlılık faaliyetlerinin de zarar görmesine neden olur. Bu nedenle ilaçlamanın uzmanlar tarafından yapılması gerekmektedir. İlaçlamanın yapılması için de doğaya zarar vermeyen ilaçların kullanılması gerekir. İlaçlama alanında kanuni düzenlemeler yapılması gerekmektedir.