Gen klonlaması yapılırken genelde plazmit denilen halka şeklinde bakteri DNA’ları kullanılır. Bu DNA’nın içerisine aktarılan “hedef gen” bakteriler içerisinde çoğaltılarak üretilir, istenirse memeli hücreleri gibi ökaryot hücrelere aktarılabilir.
Belli bir geni içeren klonu elde etmek için öncelikle elimizdeki DNA’ya (plazmite) aktarmak ya da klonlamak istediğimiz gen parçasının her iki tarafından restriksiyon enzimi adı verilen kesici enzimlerle kesmemiz gerekir. Bunu makasla bir ipi kesiyormuşuz gibi düşünebiliriz. Aynı şekilde plazmit DNA’sı üzerinde de hedef geni yerleştirmek istediğimiz yeri bu enzimlerle reaksiyona sokarak keseriz.
Sonrasında kesinlen plazmitlerle, plazmite yerleştirmek istediğimiz kesilmiş gen parçasını aynı ortamda reaksiyona sokup, ligaz enzimini de ekleyip birleşmelerini sağlarız. Böylece hedef genimiz plazmitin içerisine girmiş yani klonlanmış olur.