Bakteriler ilkel canlılar olarak doğadaki madde döngüsüne katılmaktadırlar. Çevresel faaliyetlerin devam etmesinde doğal dengenin korunmasında ve döngülerin oluşmasında bakteriler de görev almaktadır. Bakterilerin doğadaki döngülere katılması canlılık faaliyetlerinin devam etmesini sağlar.
Bakteriler azot döngüsü gibi canlılar için en önemli olan döngüde yer almaktadır. Azot döngüsü, yıldırım ve şimşek çarpmaları ve düşmeleri sonucunda havadaki azotun toprağa karışması sonucunda meydana gelir. Azot tutucu bakteriler de toprağa azot karışmasını sağlar. Azot döngüsünün devam etmesi canlılarda protein sentezinin gerçekleşmesinde azotun kullanılması gerçekleştiği için çok önemlidir. Canlılık faaliyetleri doğadaki denge ve döngülere bağlı olarak meydana gelir.