Bakteriler, ekolojik anlamda yeryüzündeki yaşamın devamı için gerekli birçok faaliyeti gerçekleştiren çok önemli organizmalardır. Fotosentez yapan bazı bakteriler, atmosfere yüksek oranda oksijen salarken bazıları atmosferde bulunan serbest azot gazının ve karbondioksidin organik bileşiklerin yapısına katılmasını sağlar. Bazı bakteriler organik atıkların inorganik bileşenlerine ayrıştırılarak madde döngüsüne girmesinde ayrıca toprağın zenginleşmesinde ve kirleticilerden arınmasında etkilidir.
Bakterilerin organik, hatta inorganik bileşikleri parçalayabilen güçlü enzimleri vardır. Doğa dostu olan bu bakteriler; doğal ve sentetik atıkların yok edilmesi, işlenmesi ve değerlendirilmesinde ayrıca tarımsal zararlılara karşı biyolojik mücadelede kullanılmaktadır.
Bakteriler, insan sağlığı açısından oldukça önemlidir. Bakteriler, hızlı çoğalmaları ve biyoteknolojik açıdan gen nakline uygun olmaları sebebiyle insülin gibi bazı hormonların, büyüme faktörlerinin, antibiyotiklerin, aşı ve serumların, kanser tedavisinde ve kozmetikte kullanılan bazı ilaçların ucuza, daha çok miktarda ve saf olarak üretilmesinde kullanılır.
Bazı otobur canlıların sindirim sisteminde yaşayan yararlı bakteriler, selülozun sindirimine yardımcı olurken insanların kalın bağırsaklarında yaşayan bakteriler, B ve K vitaminlerini üretir. Bakteriler, mayalanma yapabilme yetenekleri sebebiyle gıda sanayisinde kullanılır. Sütün yoğurt veya peynire, glikozun etil alkol veya sirkeye dönüşmesinde ve turşu üretiminde bakterilerden yararlanılır.
Bilinen en güçlü nörotoksin, bir bakteri tarafından üretilen botulinum toksinidir. Bu madde sinir ile kas arasındaki iletişimi durdurmaktadır. Çok güçlü bir zehir olmasına rağmen botulinum toksini; yüzdeki kırışıklıkların önlenmesinde, şaşılık, migren ve aşırı terlemenin tedavisinde kullanılmaktadır (botoks tekniği). Bazı bakteriler tüberküloz, tetanos, ülser, menenjit gibi hastalıklara neden olur. Bu bakteriler, ürettikleri toksin ile organizmaya zarar verir. Bu özellikleri sebebiyle bazı bakteriler, genetiği değiştirilerek biyolojik silah yapımında kullanılmaktadır. Ancak dünyada dostluk ve barışın bozulmaması için biyolojik silahlar kullanılmamalıdır.