Baba İshak İsyanı, Anadolu Selçuklu tarihinde en önemli isyanlardan biridir. Baba İshak İsyanı, toplumda Alevi, Sunni çatışmasını tetikleyen isyanlardan biri olarak Alevilerin yaşadığı topraklarda daha etkili olmaya başlamıştır. Anadolu Selçuklu Devleti’nin güç kaybetmesine neden olmuştur.
Baba İshak İsyanı, Anadolu Selçuklu Devleti üzerinde ekonomik güç kaybının yaşanmasına, siyasi otorite kaybının yaşanmasına, devletin güvenlik açısından zayıflamasına, dış dünyaya devletin sonunun yaklaşmış olduğunu duyurmasına neden olmuştur.
Anadolu Selçuklu Devleti, sürekli güç kaybederek otoritesini kaybedince isyanlar daha da çoğalmış ve devlet daha da zayıflamıştır. İsyanların bastırılamaması çok zor durumların yaşanmasına neden olmuştur.
1240 yılında Anadolu'da bir Türkmen Şeyhi olan Baba İshak ve çevresindeki Türkmenlerin Anadolu Selçuklu Devletine karşı yaptıkları ayaklanmaya verilen isimdir.
Anadolu Selçuklu Devletinin kendi egemenliği altında yaşayan insanları koyduğu ağır vergiler ve adaletsiz yönetimi sonucunda bazı Türkmenlerin isyanını ile karşılaşır.
Bu isyan Anadolu'daki yönetimden hiç kimsenin memnun olmadığını devletin iyi yönetilmediğini gösterir.
Anadolu Selçuklu Devleti Baba İshak isyanını iki yıl sonunda Gürcü ve Ermenilerden aldığı paralı askerlerin yardımı ile bastırabilmiştir. Bu Sulatan 2. Gıyasettin Keyhüsrevin ne kadar beceriksiz bir yönetici olduğunu gösterir.
Bu isyan sonunda anlaşılmıştır ki Anadolu Selçuklu kendi beylerinin isyanını bastıracak bastıracak gücü kalmamıştır.
Bu isyandan sonra Anadolu'daki beyler kendi kararlarını kendileri almaya yavaş yavaş egemenliklerini ilan etmeye başlamışlardır.
Moğollar Anadolu Selçuklu'nun kendi içinde ki isyanı bastırmakta zorlandığını görünce saldırmakta çekindikleri Anadolu'ya bir süre sonra saldırmışlardır. Baba İshak isyanından 3 yıl sonra yapılan Kösedağ Savaşı Moğol ordusu karşısında kaybedince sonrada yıkılma sürecine girmiştir.