Hatay, Misakı Milliye dahil olan bölgelerden biridir. Lozan’daki görüşmelerde Hatay’ın durumu söz konusu edilmemiştir. Hatay’ın bu durumu iç siyasetin belirlenmesinde de etkili olmuştur. Bu nedenle Mustafa Kemal, Lozan’ı delen ilk hamleyi düşünmeye başlamıştır. Mustafa Kemal, vatan toprakları için derin ve akılcı bir siyaset izlemiştir.
Atatürk, Hatay’ın ana vatana katılması için mücadele etmiştir. Kriz yönetimini sağlığı pahasına sürdürmüş, Hatay’ın Suriye’de kalmasına izin vermemiştir. Bu konuda bir dayatma yapılmasına da izin vermemiştir. 23 Haziran 1939 yılında imzalanan anlaşma ile Hatay, Türkiye Cumhuriyeti’ne ilhak edilmiştir. Boğazlar sorunun da çözülmesi Lazon’ın delinebilen bir anlaşma olduğunu ortaya koymuştur.
Atatürk’ün liderliğinde yürütülen askeri ve siyasi mücadele sonunda bağımsızlığına kavuşan Türkiye, II. Dünya Savaşı öncesi uluslararası konjonktürü ustaca değerlendirerek bu milli meseleyi tekrar gündeme getirmiştir. Hatay’a yönelik politika bizzat Atatürk tarafından belirlenmiştir. Önce Hatay’a bağımsızlık verilip Suriye’den ayrılması; daha sonra Anavatana katılması şeklinde gelişen iki aşamalı bir strateji izlenmiştir. Bu çerçevede önce Hatay Millet Meclisi seçimleri yapılmış ve 2 Eylül 1938’de Hatay Cumhuriyeti’nin kurulmuştur. Daha sonra Hatay Millet Meclisi, 29 Haziran 1939 günü yaptığı toplantıda oy birliği ile Anavatan’a katılma kararını almış ve 23 Temmuz 1939 günü Hatay Türkiye’ye katılmıştır.