Arkeler; bataklıklarda, kirli sularda, termitlerin sindirim sistemlerinde, hayvan gübrelerinde ve pis su arıtımında selüloz parçalayıcı olarak kullanılabilmektedir. Enzimlerinin dirençli olması nedeniyle arkeler, atık maddelerin zehirli etkisinin azaltılması, düşük kaliteli metallerin biyolojik yollarla kullanılır hâle gelmesi gibi endüstriyel alanlarda kullanılır. Ayrıca arıtma tanklarındaki atık suyun temizlenmesinde ve gübreden metan gazı üretiminde arkelerden yararlanılmaktadır.
Arkeler bakterilerin yaşayamadığı koşullarda bozulmadan kalabilen dirençli enzimlere sahiptir. Bu enzimler aşağıdaki işlemlerde kullanılmaktadır.
- Sanayi atığı olarak açığa çıkan metallerin zehirli etkilerinin azaltılması
- Kirlenmiş suların temizlenmesi ve tekrar kullanılabilir hale getirilmesi
- Amino asitler ve çeşitli antibiyotiklerin üretilmesi
- Gübre üretilmesi
- Biyogaz üretilmesi
Çiftliklerdeki çöplerde ve hayvan gübrelerindeki metan üreten arkeler, biyogaz olarak adlandırılan metan gazını oluştururlar. Çiftçiler metan üreten arkeleri kullanarak gübre ve çöplerden metan gazı üretebilmektedir. Toplanan bu gaz, yemek pişirme ve aydınlatma gibi faaliyetlerde kullanılmaktadır.
Arkeler, doğadaki azot ve karbon döngüsünde görev yapan ekolojik bakımdan çok değerli canlılardır. Arkelerden metallerin zehirleyici etkilerinin yok edilmesinde, kalitesi düşük olan metallerin zenginleştirilmesinde ve saflaştırılmasında, sanayi ve evsel atık sularının arıtılmasında, çöplerin ayrıştırılmasında, çöplerden; metan gazı, gübre, biyoyakıt gibi ürünlerin elde edilmesinde ve biyoteknolojide yararlanılmaktadır.