Henüz 7 yaşındayken annesini kaybetti. Babasının memuriyeti nedeniyle öğrenimine farklı yerlerde devam etmek zorunda kaldı. 1925 yılında öğrenimini tamamladıktan sonra İzmir'de Redd-i İlhak İlkokulu'nda başöğretmen olarak görev yapmaya başladı. Burada görev yaptığı sırada Mustafa Kemal Atatürk'ün bir ziyaretinde onunla tanıştı. Bu tanışmanın ardından Lozan'a dil öğrenimi için gönderildi.
Yurda döndükten sonra bir süre Fransız Kız Lisesi'nde öğrenim gördü. 1929'da Ankara Musiki Muallim Mektebi'nde 1933'de ise Ankara Kız Lisesi'nde öğretmen olarak görev yaptı. Orta okul ve liselerde ders kitabı olarak okutulan "Vatandaş İçin Medenî Bilgiler" kitabını hazırladı. 1935 yılından 1952 yılına kadar Türk Tarih Kurumu'nda asbaşkan olarak çalışmalarını sürdürdü. Türk Tarih Tezi çalışmalarında yer alan Afet İnan, "Türk Tarihinin Ana Hatları" kitabının hazırlanmasında görev aldı.
Cenevre Üniversitesi Sosyal ve Ekonomik Bilimler Fakültesi'nde yüksek öğrenimini ve doktorasını tamamladı. 1950 yılında ise profesör oldu. Türkiye'de çeşitli üniversitelerde dersler verdi. 8 Haziran 1985'de Ankara'da hayatını kaybetti.
Mustafa Kemal Atatürk vasiyetnamesinde Afet İnan için; “yaşadığı müddetçe ayda 800 lira verilecektir” diye vasiyette bulunmuştur.
Afet İnan, 8 Haziran 1985 tarihinde 77 yaşında iken, Ankara'daki evinde geçirdiği kalp krizi sonucu yaşamını kaybetmiştir. Cenazesi Ankara'da defnedilmiştir.
Afet İnan eserleri:
- Türk Tarihinin Ana Hatları (1930)
- Mimar Sinan (1937)
- Türkiye Halkının Antropolojik Karakterleri ve Türkiye Tarihi (1947)
- Atatürk’ten Hatıralar (1950)
- “Eski Mısır Tarihi ve Medeniyeti (1956)
- Atatürk Hakkında Hatıralar ve Belgeler (1958)
- Tarih Boyunca Türk Kadınının Hak ve Görevleri (1964)
- Medeni Bilgiler ve Mustafa Kemal Atatürk’ün El Yazıları (1968)
- Devletçilik İlkesi ve Türkiye Cumhuriyeti’nin Birinci Beş Yıllık Sanayi Planı (1972)
- İzmir İktisat Kongresi, 1923 (1982)